Cortana fue creada usando una copia flash del cerebro de la Dra. Halsey. Veinte cerebros flash fueron creados, pero sólo sobrevivió uno, que se utilizó para crear a Cortana. Las vías neuronales del cerebro clonado fueron escaneadas y copiadas a través de un proceso llamado impresión de modelado cognitivo. Sus primeras palabras fueron: "Cuando se acaba el juego, el rey y el peón han de entrar en la misma caja" en italiano. Ella es uno de al menos dos inhibidores de la aromatasa que se crearon a partir del cerebro de la Dra. Halsey, el otro, su predecesor, fue Kalmiya, otra IA inteligente.
Cortana parece compartir los recuerdos de su creador, pensamientos, opiniones, e incluso los valores. Cuando se le preguntó a la Dra. Halsey para escoger a un "portador", Cortana eligió a John-117 por su compatibilidad neural. Ella no sólo es un replical de la mente de la Dra. Halsey, sino también una réplica de su forma física, aunque más joven.
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